Die kirchenmusikalische Ausbildung wurde 2020/21 besonders hart von der Pandemie getroffen. Gruppenunterricht in Fächern wie Musiktheorie, Liturgik oder Orgelbau konnte zwar ins Internet verlegt werden, Einzellektionen wie Orgel- und Gesangsunterricht waren mit den nötigen Hygienemassnahmen möglich. Doch der Präsenzunterricht in Chorleitung und Gregorianik blieb in Zeiten von Corona verboten. So konnte der Unterricht zuerst nur als Hausaufgaben und ab Pfingsten in Kleingruppen stattfinden. Erst kurz vor den Sommerferien durfte der Präsenzunterricht wieder aufgenommen werden. Um die Diplomprüfungen zeitnah ablegen zu können, wurde der Chorleitungs- und Gregorianikunterricht in den August und September verlegt. Die Abschlussprüfungen konnten schlussendlich mit grossem Erfolg für alle Studierenden durchgeführt werden.
Am 29. September 2021 fand eine kleine, aber feine Diplomfeier in Aarau statt. Das Diplom erhielten insgesamt sechs Studierende: Das Chorleitungsdiplom erwarb Salvea Friedrich, das Orgeldiplom Mirjam Beyeler und – das erste Mal in der Geschichte der KMSA mit dem Hauptfach Klavier anstatt Orgel – Susanne Eggenberger. Mit dem Volldiplom in die Kirchgemeinden entlassen wurden Gabi Kern, Andreas Lakner und Ulrich Schaber.
Der Kurs «Begleitpraxis Popularmusik» konnte mit seinen fünf Teilnehmerinnen und Teilnehmern leider keinen Abschlussanlass durchführen. Das gemeinsame Singen in einem «offenen Singen» blieb zu lange verboten.